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これは、CloudFormationスタックを組織にデプロイする際のAWSの制限です。ヘルプトピックDeploymentTargets - AWS CloudFormationによると:
StackSetsは、組織管理アカウントが組織内または組織内のOUにあっても、組織管理アカウントにスタックインスタンスをデプロイしません。
CloudFormationを使用してAWSアカウントを接続するの手順に従って、管理アカウントを個別に追加することができます。